Program Pascasarjana Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya dirintis sejak tahun 1981. Rintisan ini diawali dengan kerjasama antara Universitas Brawijaya dengan Universitas Gajah Mada untuk menyelenggarakan Program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) UGM – UNIBRAW. Program ini betujuan untuk membantu Universitas Brawijaya dalam merencanakan dan melaksanakan pendidikan pascasarjana secara mandiri.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 325/DII/1982, Program KPK UGM-UNIBRAW membuka pendidikan pascasarjana (S2) untuk Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 348/D/1982, Program KPK UGM-UNIBRAW membuka Program Studi Ilmu Tanaman. Kegiatan pendaftaran mahasiswa pascasarjana mulai dilakukan di Universitas Brawijaya pada awal tahun 1982. Pada Tahun Akademis 1985/1986 Program KPK UGM-UNIBRAW membuka Program Studi Pengelolaan Tanah dan Air berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 1872/DK/1985.

Setelah sebelas tahun berstatus program KPK UGM-UNIBRAW, maka berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 104,105,106/Dikti/Kep/1993 sejak tanggal 27 Pebruari 1993 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya melakukan kegiatannya secara mandiri dengan Program Studi : (1) Ilmu Ekonomi Pertanian (2) Ilmu Tanaman dan (3) Pengelolaan Tanah dan Air.

Dengan semakin berkembanganya program studi sarjana di lingkungan Universitas Brawijaya dan semakin banyaknya peminat yang menginginkan dibukanya program studi baru, mulai Tahun Akademik 1995/1996 Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya membuka tujuh program studi, yaitu : (1) Program Studi Teknologi Pasca Panen (2) Program Studi Ilmu Ternak (3) Program Studi Manajemen (4) Program Studi Ilmu Administrasi (5) Program Studi Biomedik (6) Program Studi Biologi Reproduksi (7) Program Studi Teknik Sumberdaya Air.

Pada Tahun Akademik 1997/1998 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya menyelenggarakan 12 Program Studi S2 dan satu Program Studi S3 Ilmu Pertanian berdasarkan SK. Dirjen Dikti No. 208/Dikti/Kep/1997 tanggal 21 Juli 1997.  Pada Tahun Akademik 2002/2003 Universitas Brawijaya menyelenggarakan 17 Program Studi S2 dan lima Program Studi S3.  Kemudian pada tahun 2006 Rektor Universitas Brawijaya menerbitkan SK Rektor No. 030/SK/2006 yang isinya menyatakan bahwa Pengelolaan Program Pascasarjana UB yang bersifat monodisiplin diserahkan kepada masing-masing Fakultas. Sejak itu terbentuk Program Pascasarjana Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya (PPSFPUB) yang mengelola 4 (empat) Program Studi Magister  dengan 15 minat, dan 1 (satu) Program Studi S3 yaitu Program Doktor Ilmu Pertanian (PDIP) dengan 15 minat program studi.  Dalam perkembangannya sejak tahun 2007 beberapa Minat Program Studi PDIP dikelola oleh Fakultas terkait, sehingga saat ini Program Pascasarjana Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya mengelola  Program Studi S2 dan S3.